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Die natürliche Herkunft von Naturstoffen oder Verbindungen, die aus Naturstoffen gewonnen wurden, kann mit wenigen Ausnahmen mit der C14-Methode sicher nachgewiesen werden. Zu den wenigen Ausnahmen gehören jene Verbindungen, die in chemisch identischer Zusammensetzung sowohl aus Naturstoffen gewonnen, wie auch aus anderen biobasierten Chemikalien synthetisiert werden können. Dies ist allerdings meistens sehr aufwändig und kommt daher selten vor. Die C14-Analyse liefert also einen sehr wichtigen Hinweis für die Echtheit von Naturprodukten. Beimengungen von fossilen Rohstoffen, wie sie zum Beispiel in der Kosmetikbranche nicht unüblich sind, werden mit der C14-Analyse zuverlässig erkannt.
Auch bei Naturstoffen gilt, dass die C14-Methode keine Hinweise über die Anbaumethode liefern kann. Die Naturstoffe können sowohl aus ökologischem, wie auch aus konventionellem Anbau stammen. Außerdem kann mit der C14-Anlayse keine Unterscheidung zwischen tierischen und pflanzlichen Rohstoffen vorgenommen werden.